Software
Labor Akhtar
Unser Labor arbeitet eng mit der von Dr. Thomas Manke geleiteten Einheit für Bioinformatik zusammen, um bei der Entwicklung von Datenanalyse-Tools zu helfen. Mitglieder des Akhtar-Labors haben zu mehreren öffentlich verfügbaren Softwarepaketen beigetragen, von denen eine Auswahl hier aufgeführt ist.
HiCExplorer
Set of programs to process, analyze and visualize Hi-C and cHi-C data
HiCAssembler
Hi-C scaffolding tool to assemble contigs/scaffolds into complete chromosomes
deepTools
User-friendly tools for exploring deep-sequencing data
snakePipes
snakePipes are flexible and powerful workflows built using snakemake that simplify the analysis of NGS data
deepStats
deepStats is a statistical and dataviz toolbox for deeptools, genomic signals, and more (GOterms, etc)
icetea
An R package for analysis of data produced by transcript 5' profiling methods like RAMPAGE and MAPCap